Das breite Spektrum der intermedialen Arbeiten von Nadja Schöning findet Ausdruck in ihren Radio-Produktionen und Kompositionen, in ihren Werken Akustischer Kunst, ihren Video-Skulpturen, Klang-Objekten und Klang-Raum-Installationen, sowie in der Fotografie und installativen Holographie. Dabei setzt sie sich vor allem mit genreübergreifenden und wahrnehmungs-ästhetischen Wechselwirkungen der einzelnen Medien auseinander. Die Interaktion von Bild und Ton und die gleichwertige Einbeziehung des Akustischen in unterschiedliche mediale Formen bilden einen wesentlichen Bestandteil ihrer Werke.
Intermediale Relationen von Hören und Sehen formulieren sich im Besonderen in ihren Hörspiel- und Ars Acustica-Realisationen, sowie in ihren Kompositionen für Hörspiele und Klangräume. Einen Schwerpunkt bilden dabei ihre Radioproduktionen und Kompositionen über Werke bildender Künstler wie Paul Klee, Max Ernst, William Turner, Paul Cézanne, sowie zur Bilder schaffenden Literatur von Friederike Mayröcker, Claude Simon, Ingeborg Bachmann, japanischer Haiku Dichtung oder zum Thema Bauhaus Weimar.
Im multiperspektivischen Zusammenspiel ihrer großräumigen, interaktiven, audio-visuellen Installationen verdeutlichen sich insbesondere thematische Aspekte der Zeit und der Simultaneität, sowie der Übergang einer medialen Realität in eine andere.
Auch in ihren Video-Arbeiten - als in der Zeit vergehenden, bewegten Bilderfolgen - gilt ihr Interesse vornehmlich den mit ihren Frames zum zeitlichen Stillstand gekommenen, gleichsam autonomen, fotografischen Einzelbildern und ihren ästhetischen Figurationen.
Im Bereich der Fotografie entwickelte sie, als extended photography, die Verfahrensweisen des FotoCutup, VideoPainting und in Zusammenarbeit mit der bildenden Künstlerin Fanny Schoening das FotoPainting mit Korrespondenzen zu bildnerisch-ästhetischen Komponenten der Malerei. 
Als Herausgeberin publizierte sie 2021 mit dem Wegbereiter des Neuen Hörspiels und der Akustischen Kunst/Ars Acustica Klaus Schöning, sein umfangreiches, mehrmediales Buch Vom Neuen Hörspiel zur Akustischen Kunst zur Ars Acustica als Ars Intermedia - Erinnerungen. Essays, Vorträge, Reflexionen, Sendungen, Porträts und Gespräche.